Vista la pioggia abbondante caduta sul tracciato di Magny Cours, i tempi utili per l’accesso in Superpole sono quelli registrati nella prima sessione. Il più veloce sul bagnato è stato Marco Melandri, seguito da Giugliano, che lo segue con mezzo secondo di ritardo. Terzo tempo per Sylvain Guintoli (primo in Q1), staccato di circa un secondo e sempre temibile sulla pista di casa, dove è costretto ad una strategia offensiva per recuperare più punti possibili a quattro manche dal termine (-24 da Tom Sykes). Sul bagnato, Guintoli ha mostrato un discreto vantaggio sui diretti rivali in classifica, dal momento che il pilota di Kawasaki ha fatto registrare il nono tempo (circa tre secondi più lento di Melandri) e Eugene Laverty l’undicesimo, anche se entrambi non hanno forzato particolarmente per non correre rischi inutili in un turno ininfluente ai fini della Superpole. Ricordiamo che non c’è la seconda moto, quindi una brutta caduta in Q2, potrebbe mettere a rischio la partecipazione alla superpole. Anche Badovini e Pirro hanno fatto la voce grossa, facendo registrare rispettivamente il quarto e il quinto tempo.