Per recuperare le libere non fatte, il turno di qualifiche della MotoGP è durato ben 75 minuti, con una modalità di qualifica che per i nostalgici è certamente la più bella: tutti i piloti in pista, per il “tutti contro tutti” finale. Ma le vere qualifiche sono iniziate dopo la metà del turno, con la pista che inizia ad asciugarsi. E’ stata una sessione in cui abbiamo visto un Marquez notevolmente in difficoltà con il setup della sua moto che non era per niente quello adatto: la moto era troppo lunga in frenata e anteriore saltellante per la RC213V del rookie. I medesimi problemi, anche se in modo meno evidente, sono presenti sulla moto di Pedrosa. A fine sessione, Jorge Lorenzo (Yamaha) conquista la qualifica lunga e bagnata del GP del Giappone, girando in 1:53.471 e rifilando distacchi pesanti a tutti. Problemi in frenata per Marquez 2° (Honda, +0.658), mentre Hayden (+1.068) è 3°, riportando in prima fila la Ducati. Pedrosa è 4° (Honda, +1.071) davanti a Rossi (Yamaha, +1.261) e Dovizioso (Ducati, +1.565). Terza fila per le Honda di Bautista (caduto, +1.664) e Bradl (+2.139), poi Espargaro (ART, +2.248).