Dopo molti rinvii e cambi di programma, la Moto3 è riuscita finalmente a scendere in pista a Motegi per una sessione estesa di qualifiche (annullate tutte le libere). Con pista bagnata, il più veloce è stato Alex Rins, secondo in classifica iridata alle spalle di Luis Salom (4º a + 1.269) a soli cinque punti di distanza, autore di un 2’09.387. Lo spagnolo, alla settima pole position stagionale, ha approfittato al meglio della pista progressivamente più veloce fino a dieci minuti dal termine, quando la pioggia si è fatta nuovamente più intensa lasciando pressoché intatti i piani alti della classifica.